MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Candidatus Hodgkinia cicadicola Dsem chromosome

Total Repeats: 331

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012960	AAG	2	6	6896	6901	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_012960	GCT	2	6	6922	6927	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_012960	GCA	2	6	6951	6956	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_012960	CCTT	2	8	10823	10830	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_012960	CCT	2	6	10851	10856	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
6	NC_012960	C	6	6	10871	10876	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
7	NC_012960	CTC	2	6	10892	10897	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
8	NC_012960	TCC	2	6	10900	10905	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_012960	TCC	2	6	10910	10915	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_012960	TCC	2	6	10920	10925	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_012960	TCC	2	6	10929	10934	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
12	NC_012960	TCC	2	6	10938	10943	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
13	NC_012960	CTTC	3	12	10945	10956	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_012960	T	6	6	10957	10962	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012960	C	6	6	10963	10968	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
16	NC_012960	TC	3	6	11012	11017	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_012960	TC	4	8	11019	11026	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_012960	ATCT	2	8	11027	11034	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
19	NC_012960	TC	4	8	11037	11044	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_012960	TC	4	8	11046	11053	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_012960	TC	3	6	11055	11060	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
22	NC_012960	TTC	3	9	11061	11069	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_012960	T	8	8	11070	11077	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_012960	CT	3	6	11079	11084	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_012960	C	6	6	11085	11090	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
26	NC_012960	CCT	2	6	11102	11107	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_012960	T	7	7	11110	11116	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_012960	TGT	2	6	11126	11131	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_012960	GCT	2	6	11147	11152	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_012960	T	6	6	11180	11185	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_012960	T	8	8	11192	11199	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_012960	T	7	7	11212	11218	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_012960	T	8	8	11235	11242	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_012960	CT	19	38	11243	11280	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_012960	C	6	6	11281	11286	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
36	NC_012960	T	6	6	11295	11300	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_012960	A	6	6	11301	11306	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012960	GC	3	6	11313	11318	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
39	NC_012960	GC	3	6	11371	11376	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
40	NC_012960	TGC	2	6	11409	11414	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_012960	CGG	2	6	11502	11507	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_012960	GC	3	6	13002	13007	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
43	NC_012960	TG	3	6	13012	13017	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
44	NC_012960	GC	3	6	13056	13061	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
45	NC_012960	GCTG	2	8	13147	13154	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_012960	CG	3	6	13190	13195	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
47	NC_012960	AGA	2	6	13243	13248	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_012960	CG	3	6	13268	13273	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
49	NC_012960	CAG	2	6	13275	13280	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_012960	GCTT	2	8	13314	13321	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_012960	CTG	2	6	13343	13348	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_012960	TTG	2	6	13397	13402	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_012960	AACA	2	8	13405	13412	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_012960	CGT	3	9	13413	13421	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_012960	GAGCTT	2	12	13430	13441	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_012960	TCA	2	6	13449	13454	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_012960	GTT	2	6	13529	13534	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_012960	TGAT	2	8	13629	13636	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_012960	CGC	2	6	13655	13660	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_012960	GTTT	2	8	13667	13674	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
61	NC_012960	GCT	2	6	13685	13690	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_012960	GTTTG	2	10	13709	13718	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012960	CG	3	6	13719	13724	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
64	NC_012960	GCC	2	6	13748	13753	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_012960	TGG	2	6	13781	13786	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_012960	TTGT	2	8	13906	13913	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_012960	ACG	2	6	13957	13962	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_012960	TATGC	2	10	14055	14064	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_012960	GCT	2	6	14089	14094	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_012960	GGCT	2	8	14157	14164	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
71	NC_012960	CAGC	2	8	15582	15589	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
72	NC_012960	AGCG	2	8	25451	25458	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
73	NC_012960	TG	3	6	25470	25475	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_012960	CTTGCT	2	12	25483	25494	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_012960	AGTCT	2	10	25509	25518	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_012960	GCCC	2	8	25913	25920	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
77	NC_012960	CTCG	2	8	25995	26002	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
78	NC_012960	TGC	2	6	26393	26398	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_012960	TGC	2	6	26408	26413	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_012960	GCC	2	6	26437	26442	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_012960	CTTTT	2	10	29105	29114	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_012960	GCTT	2	8	29116	29123	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_012960	TCA	2	6	29134	29139	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_012960	TGA	2	6	29140	29145	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_012960	ACG	3	9	29151	29159	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_012960	GGC	2	6	29183	29188	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_012960	CG	3	6	29197	29202	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
88	NC_012960	TTA	2	6	31653	31658	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_012960	TGG	2	6	35370	35375	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_012960	TGG	2	6	35386	35391	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_012960	GCT	2	6	35413	35418	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_012960	GC	3	6	35432	35437	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
93	NC_012960	TG	3	6	35444	35449	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
94	NC_012960	GC	4	8	35535	35542	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
95	NC_012960	GCTG	2	8	35578	35585	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
96	NC_012960	GC	4	8	35608	35615	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
97	NC_012960	GC	3	6	35686	35691	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
98	NC_012960	GCTG	2	8	35741	35748	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
99	NC_012960	CAAAA	2	10	35755	35764	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_012960	TG	3	6	35781	35786	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
101	NC_012960	TGC	2	6	35806	35811	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_012960	GAGCTA	2	12	35820	35831	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_012960	TG	3	6	35842	35847	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_012960	GCT	2	6	36763	36768	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_012960	GC	3	6	36770	36775	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
106	NC_012960	CGCT	2	8	39216	39223	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
107	NC_012960	GCT	2	6	39233	39238	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_012960	GC	3	6	39278	39283	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
109	NC_012960	CAG	2	6	41564	41569	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_012960	CGT	2	6	41577	41582	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_012960	TTC	2	6	41589	41594	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_012960	GTTTC	2	10	41626	41635	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_012960	C	7	7	41660	41666	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
114	NC_012960	T	8	8	41688	41695	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_012960	C	7	7	41879	41885	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
116	NC_012960	T	7	7	41894	41900	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_012960	T	6	6	41931	41936	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_012960	GC	3	6	41969	41974	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
119	NC_012960	TGC	2	6	41991	41996	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_012960	GC	3	6	41995	42000	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
121	NC_012960	TCC	2	6	42017	42022	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
122	NC_012960	TTC	2	6	42038	42043	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_012960	GCT	2	6	42046	42051	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_012960	GC	5	10	42053	42062	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
125	NC_012960	T	6	6	43019	43024	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_012960	CTT	2	6	43025	43030	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_012960	CTC	8	24	43031	43054	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
128	NC_012960	TTC	9	27	43059	43085	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_012960	CTC	2	6	43086	43091	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_012960	C	7	7	43091	43097	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
131	NC_012960	G	6	6	43123	43128	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
132	NC_012960	GCTG	2	8	43164	43171	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
133	NC_012960	TGT	2	6	46477	46482	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_012960	CG	3	6	46486	46491	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
135	NC_012960	TG	3	6	46500	46505	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_012960	T	6	6	46525	46530	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_012960	GCG	2	6	47906	47911	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_012960	GC	3	6	60318	60323	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
139	NC_012960	GC	3	6	63538	63543	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
140	NC_012960	CTTG	2	8	70766	70773	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_012960	T	6	6	70775	70780	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_012960	AAGCT	2	10	70794	70803	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_012960	CAT	2	6	71737	71742	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_012960	GCG	2	6	71770	71775	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_012960	TGC	3	9	72514	72522	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_012960	GCTTG	2	10	72528	72537	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
147	NC_012960	TGC	2	6	72564	72569	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_012960	TGCG	2	8	72606	72613	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
149	NC_012960	AGC	2	6	72626	72631	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_012960	GC	3	6	72630	72635	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
151	NC_012960	CG	3	6	74642	74647	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
152	NC_012960	GC	3	6	74742	74747	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
153	NC_012960	TTGC	2	8	74748	74755	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
154	NC_012960	TCTCT	2	10	78889	78898	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
155	NC_012960	T	8	8	78898	78905	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_012960	A	9	9	78940	78948	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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158	NC_012960	GTG	2	6	79548	79553	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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160	NC_012960	AGCTG	2	10	81050	81059	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
161	NC_012960	GCC	2	6	81266	81271	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
162	NC_012960	GCTG	3	12	82298	82309	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
163	NC_012960	TGGC	2	8	82339	82346	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
164	NC_012960	GC	4	8	82345	82352	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
165	NC_012960	GC	3	6	82379	82384	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
166	NC_012960	GC	3	6	82427	82432	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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168	NC_012960	GACT	2	8	82898	82905	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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174	NC_012960	GCT	2	6	88654	88659	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
175	NC_012960	TAC	2	6	90904	90909	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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183	NC_012960	C	6	6	93037	93042	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
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188	NC_012960	GTG	2	6	93431	93436	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
189	NC_012960	GCG	2	6	93444	93449	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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284	NC_012960	CT	3	6	115768	115773	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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286	NC_012960	TC	3	6	115787	115792	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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288	NC_012960	TCTT	2	8	115803	115810	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
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292	NC_012960	TTCTTT	2	12	115838	115849	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
293	NC_012960	TC	3	6	115855	115860	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
294	NC_012960	TC	3	6	115871	115876	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
295	NC_012960	TC	9	18	115878	115895	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
296	NC_012960	T	8	8	115896	115903	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
297	NC_012960	CGCCTC	4	24	115912	115935	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
298	NC_012960	GTC	2	6	115942	115947	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
299	NC_012960	GC	3	6	115950	115955	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
300	NC_012960	T	6	6	115989	115994	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
301	NC_012960	CGC	2	6	116010	116015	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
302	NC_012960	TATTT	2	10	116055	116064	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
303	NC_012960	A	6	6	116072	116077	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
304	NC_012960	CAC	2	6	116096	116101	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
305	NC_012960	C	7	7	116101	116107	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
306	NC_012960	GCT	2	6	118667	118672	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
307	NC_012960	T	6	6	118672	118677	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
308	NC_012960	CGCGC	2	10	118681	118690	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
309	NC_012960	TTC	2	6	118705	118710	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
310	NC_012960	T	7	7	118733	118739	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
311	NC_012960	CGC	2	6	121482	121487	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
312	NC_012960	GC	3	6	123304	123309	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
313	NC_012960	GC	4	8	123311	123318	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
314	NC_012960	CGC	2	6	123429	123434	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
315	NC_012960	GC	3	6	123433	123438	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
316	NC_012960	CTG	2	6	123462	123467	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
317	NC_012960	TCA	2	6	123477	123482	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
318	NC_012960	CGC	2	6	123521	123526	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
319	NC_012960	A	6	6	123558	123563	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
320	NC_012960	GCC	3	9	123564	123572	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
321	NC_012960	TC	3	6	123579	123584	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
322	NC_012960	A	6	6	123807	123812	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
323	NC_012960	GGC	2	6	128460	128465	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
324	NC_012960	CGT	2	6	139913	139918	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
325	NC_012960	TTG	2	6	139937	139942	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
326	NC_012960	GC	3	6	140733	140738	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
327	NC_012960	GC	4	8	142935	142942	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
328	NC_012960	GCC	2	6	142974	142979	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
329	NC_012960	GC	3	6	142987	142992	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
330	NC_012960	GCA	2	6	143733	143738	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
331	NC_012960	A	7	7	143749	143755	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.